委托人在纳税申报代理业务中的配合程度直接决定申报质量，专业机构通常要求企业提供发票流、资金流、物流“三流合一”的完整证据链。以增值税申报为例，委托人需在每月15日前提供：① 销项数据（包括税控盘导出的发票明细、未开票收入台账、视同销售调整依据）；② 进项数据（增值税发票抵扣联、海关进口增值税缴款书、农产品收购凭证的扫描件及业务真实性说明）；③ 银行流水（重点标注与收入相关的收款记录，以佐证申报表“销售额”与资金流的匹配性）。若企业涉及出口退税，还需同步提交报关单、货运单据、收汇凭证的电子版，并确保单证信息（品名、数量、金额）与发票完全一致。实践中常见的问题是委托人财务部门只提供科目余额表，导致代理机构无法识别“其他应收款”挂账的关联方借款利息（需代扣增值税）或“营业外收入”（可能涉及免税条件审查）。因此，专业机构应通过《资料清单确认书》明确要求委托人法定代表人签字承诺资料真实性，并根据《税收征管法》第56条，提醒委托人保留原始凭证至少10年以备核查。对于使用ERP系统的企业，建议委托人开放“只读权限”给税务师，以便直接提取“销售收入-税额”的明细账，减少人工汇总误差。
企业通过虚假材料骗取高新资质，将面临《税收征管法》第64条"编造虚假计税依据"的行政处罚。2023年长三角某市稽查局公布的典型案件中，发现企业存在：① 研发费用造假（将管理人员工资计入研发费用）；② 知识产权不相关（实用新型专利与主营业务无关）；③ 审计报告失实（事务所未实地核查研发项目）。处罚结果为：追缴三年优惠税款（15%→25%差额）+1.5倍罚款+取消高新资格。 稽查重点核查项包括： 研发人员占比：对比社保名单/工资表/个税申报数据 研发设备使用：检查折旧计提与生产设备的区分依据 高新产品收入：核对知识产权证书与销售合同关联性
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